La invasión de sus riberas y la desecación de su caudal fue propiciada por el Estado y aprovechada por los terratenientes.

Néstor Franco, el director de la Corporación Autónoma Regional de Cundinamarca (CAR), aseguró que la desecación de la Laguna comenzó cuando el comandante del ejército patriota entregó tierras a sus subalternos en pago por los servicios prestados a la lucha por la independencia. 

Por esa época comenzó una política nacional de desecación de esos cuerpos de agua para el desarrollo de actividades agrícolas y ganaderas pues no se valoraba su importancia ambiental. De acuerdo con los registros históricos, hace 200 años Fúquene tenía 13 mil hectáreas de espejo de agua, hoy solo tiene 3.620 hectáreas.   

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